Como nunca había implementado Samba y en éste caso estaba instalado Samba 4 me encontré con algunos errores que podrían ser comunes para quien tampoco lo haya hecho antes.

[2015/08/04 11:15:38.264254, 0] ../source3/passdb/pdb_ldap.c:6529(pdb_ldapsam_init_common)
pdb_init_ldapsam: WARNING: Could not get domain info, nor add one to the domain. We cannot work reliably without it.

[2015/08/04 11:15:38.264727, 0] ../source3/passdb/pdb_interface.c:178(make_pdb_method_name)
pdb backend ldapsam:ldap://server.domain did not correctly init (error was NT_STATUS_CANT_ACCESS_DOMAIN_INFO)

Otra solución al error si se usa SSL

Éste es un error por una mala configuración de smb.conf, había copiado un ejemplo de Samba 3 que no funcionó del todo, aquí adjunto una plantilla de cómo lo configuré usando el man de samba (recordar que ya tenía construido el árbol de ldap con los objetos necesarios).

# Global parameters

[global]
server role = classic primary domain controller
workgroup = EXAMPLE.COM
server string = Samba at EXAMPLE.COM
netbios name = PDC
domain logons = yes
domain master = yes
admin users = Administrador

passdb backend = ldapsam

ldap admin dn = cn=Administrador,dc=example,dc=com
ldap group suffix = ou=groups
ldap idmap suffix = ou=idmap
ldap machine suffix = ou=computers
ldap user suffix = ou=Users
ldap suffix = dc=example,dc=com
ldap delete dn = yes

idmap backend = ldap:"ldap://pdc.example.com"

# Deshabilita SSL para que pueda usar el plugin de ldap
ldap ssl = off

wins support = yes
;winbind nested groups = no
name resolve order = wins lmhosts host bcast
time server = yes
dns proxy = no

security = user
add user script = /usr/sbin/useradd -m %u
delete user script = /usr/sbin/userdel -r %u
add group script = /usr/sbin/groupadd %g
delete group script = /usr/sbin/groupdel %g
add user to group script = /usr/sbin/usermod -G %g %u
add machine script = /usr/sbin/useradd -s /bin/false -d /dev/null -g machines %u